為執行教育部獎勵大學教學卓越計畫，本校於民國97年9月成立「教學卓越計畫辦公室」，並於民國98年９月升格為「教學卓越中心」。

民國99年8月，為提升本校教師專業，並統整全校性教學計畫、數位教學與服務學習等事項，整併教師發展中心、教學卓越中心、服務學習中心、健康促進中心等單位，並依據本校組織規程第四條規定，設置「慈濟大學教師發展暨教學資源中心」(以下簡稱本中心)。

本中心置主任一人，綜理中心各項業務。其下設教師專業組、數位教學組、臨床醫學教育組、服務學習組、執行暨管考組、行政管理組。各組分置組長一人、職員若干人，辦理各項事務。